Obyčejné bazény je potřeba pravidelně ošetřovat pomocí chemických přípravků pro průzračnou a nezávadnou vodu. To může být nákladné nejen kvůli ceně chemie ale i kvůli spotřebě elektrické energie využívané na chod filtrace a jiných zařízení. Proto jsou přírodní bazény, které využívají samočistící schopnost vody, skvělou alternativou. Princip spočívá v rozdělení koryta převážně na dvě zóny, z nichž jedna je mělká a slouží jako prostor pro růst rostlin. Druhá zóna je hluboká obvykle více než dva metry, vytváří prostor pro koupání a zároveň vytváří dostatek místa pro sedimentaci větších částic. Současně je bazén pokryt vodotěsnou folií zabraňující však vody do půdy. Její životnost se pohybuje v řádech desítek let, jestliže jste se však rozhodli bazén realizovat v jílovité půdě, dokáže se voda v nádrži zadržovat i v případě trhlin ve folii.
Voda v přírodním bazénu se čistí díky přítomným rostlinám, které využívají živiny obsažené ve vodě, především fosfor a dusík. Ty se do vody nejčastěji dostávají jako produkty rozkladných procesů. Jestliže je rostlin v bazénu dostatek, dokáží z vody vstřebat veškeré živiny dříve, než dojde k využití autotrofních organismů, respektive sinic a řas, které způsobují nevzhlednost a zápach vody. Je vhodné osazovat hned několik druhů rostlin, které mimo svoji čistící funkci budou vytvářet i příjemnou atmosféru. Ryby jsou však pro bazén spíše škodlivé, zvyšují koncentrace živin a může tak docházet ke snížení účinnosti samočištění. Jeli to tedy možné, ryby v nádrži vůbec nevysazujte.
Přírodní bazén nejlépe funguje s poměrně velkou rozlohou, je tedy nutné mít na zahradě dostatek místa. Pro tvorbu nádrže je nevhodnější oslovit firmu, která se zaměřuje na ruční výkopové práce. Přestože náklady pro přírodní bazén jsou mnohdy vysoké, jejich nízké provozní náklady a perfektní splynutí s okolní zahradou za to stojí.